Alcaide-mor
O donatario do Funchal era o alcaide-mor na capitania, mas o governo filipino entregou a guarda do castelo aos seus delegados no arquipélago, os quais por este facto passaram a usar daquele título. As atribuições destes novos alcaides foram fixadas pelo regimento de 5 de Dezembro de 1603, registado no Arquivo da Câmara, tendo sido o governador-geral João Fogaça o primeiro alcaide-mor nomeado pelo referido governo.
Os alcaides tinham a carceragem dos presos e a metade das multas, além de outras receitas indicadas no regimento.
O donatario do Funchal passou a ser simples alcaide-mor na capitania, desde a extinção da donataria em 1766, mas os seus direitos e atribuições eram muito diferentes das dos alcaides-mores criados pelo governo castelhano.